Pasos para hacer un docking

Después de haber instalado correctamente AutodockTools (ADT) haremos lo siguiente:
1- Crear un "workfolder" o "carpeta" para archivos del trabajo y ponerle el nombre que tú desees y ubicarlo de preferencia en el Disco (C:) (Ejemplo: docking_CdeCMx)
2- Abrir el programa ADT

Una vez abierto, deberás seleccionar tu directorio, o sea, elegir la carpeta que el programa leerá de ahora en adelante:
a) Abre ADT> File> Preferences>set> Startup Directory (aquí eliges tu carpeta del directorio colocando su ruta). Por ejemplo: “C:\docking_CdeCMx”
3- Prepara tu ligando y proteína en formato ".pdb". Si lo hiciste anteriormente en PyMol, ¡perfecto! Ahora puedes cambiar el nombre para diferenciarlos mejor, como “proteina.pdb” y “ligando.pdb”

Ahora sí, puedes empezar a hacer el docking como la Ciencia manda!
1- Abre ADT:
Selecciona la pestaña File > Read Molecule> Select Protein File (Aquí eliges el archivo de “proteina.pdb”)

Después:
Edit > Hydrogens >Add>>>>>> Polar Only >OK
Edit > Hydrogens> Merge Non Polar > Continue (si aparece una ventana emergente, solo haz click en "continue")

Luego:
Edit > Charges > Add Kolman Charges> Ok
File > Save > Write PDB> >Sort Nodes (Check) > OK > (Overwrite) YES

Bueno! En el siguiente paso debes intentar preparar el ligando:
Ligand > Input > Open> Select Ligand File (“.pdb” file) > OK

Ahora vuelve a repetir los pasos: (en esta sección deberás agregarle carga a tu ligando).
Para hacer esto tendrás que dar Click en el menú de Editar, después:
Edite> Charges> compute Gasteiger
Ligand > Output > Save as PDBQT

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Ahora deberás ejecutar AutoGrid4:
Para correr el AutoGrid sigue los siguientes pasos:
1-Grid > Macromole > Choose> Click (Protein) > Select Molecule > OK > save
2-Grid> Set Map types >Choose Ligand> Click (Ligand) > Select Ligand
3-Grid > GridBox> Set the BOX> File > Close Saving Current
4-Grid > Output > Save GPF> grid.gpf> save
5-Run > Run AutoGrid:
a) Selecciona la ruta del programa: ‘autogrid4.exe’ (i.e. C:\Program Files (x86) \The Scripps Research Institute\Autodock\4.2.6)
b) Selecciona el archivo con los parámetros: ‘grid.gpf’ (Deberás seleccionarlo dependiendo de en dónde está tu carpeta de trabajo)
c)¡Arrancalo!
Nota: en este paso deberás esperar a que el programa ADT responda. ¡Por favor no deshagas ningún cambio!

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Una vez que hayas realizado estos pasos tendrás que: Run AutoDock Tools: 1)Docking > Macromolecule > Set Rigid filename> Select ‘Protein.pdbqt’ > Open
2-Docking > Ligand > Choose> Click ‘Ligand’ > Select Ligand> Accept
3-Docking > Search Parameters > Genetic Algorithm> Accept
4-Docking > Output > Lamarckian GA> Save file as ‘dock.dpf’
5-Run > Run AutoDock
a) Selecciona la ruta del programa: ‘autodock4.exe’. Esta dependerá de la ubicación donde hayas descargado ADT. Por ejemplo: (C:\Program Files (x86)\The Scripps Research Institute\Autodock\4.2.6\autodock4.exe)
b) Selecciona el archivo : ‘dock.dpf’ (Basado en la ubicación de tu carpeta de trabajo)
c) Launch!
Espera a que acabe, no cierres el programa.

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Docking result analysis: Análisis de los resultados del docking.
1-Analyze > Docking > Open> Select ‘dock.dlg’ > Open >Assign Ligand New Name > OK
2-Analyze > Macromolecule > Choose> Click ‘Protein’ > Select Macromolecule
3- Analyze > Conformations> Play, Ranked By Energy > Click on the ‘&’ Button
4-Set Play Options >Check ‘Build H-Bonds’> View the hydrogen bonds formed > Check ‘Show Info’> View the Interaction Energy > Build Current Write Complex> Save as ‘Result.pdb’ ” Save....
¡Ahora podrás observar tus resultados!